Pembuatan Simulator Polyacrylamide

Dalam praktikum PAGE, tahapan pembuatan gel merupakan tahapan yang penting, karena jika salah dalam pencampuran bahan-bahannya, maka gel tidak dapat terbentuk. Sedangkan dalam tahapan tersebut, alat laboratorium yang harus dikuasai adalah micropipette, selain karena memang volume bahan yang dicampurkan dalam skala mililiter, proses pengadukan juga menggunakan alat micropipette ini. Tutorial bagaimana cara menggunakan micropipette dapat dilihat dalam channel Carolina Bilogical, yang linknya dapat dilihat pada embed video dibawah ini. Secara umum berikut ini adalah desain dan nama-nama bagian micropipette: Sedangkan bersadarkan tipenya micropipette dibagi sebagai berikut BTLabSystems.com Sehingga terlihat bahwa untuk penambahan ( increment ) pada masing-masing tipe tidak harus bernilai 1 point. Tetapi ada juga penambahannya 5 point. Berikut ini contoh pembacaan skala volume micropipette: capricorn.bc.edu Referensi CarolinaBiological,. 2017. How to...

Berikut ini adalah visualisasi perbandingan volume dalam resep pembuatan resolving gel dan stacking gel untuk praktikum Polyacrylamide: Resolving Gel 30% Acrylamide 3.3 mL 1.5M Tris, pH 8.8 2.5 mL SDS 0.1 mL dH 2 O 4.0 mL Ammonium Persulphate 0.1 mL TEMED 0.004 mL Stacking Gel 30% Acrylamide 1.65 mL 0.5M Tris, pH 6.8 2.5 mL SDS 0.1 mL dH 2 O 5.65 mL Ammonium Persulphate 0.1 mL TEMED 0.004 mL Dari kedua gambar di atas terlihat bahwa, yang membedakan hanyalah volume Acrylamide dan air destilasi. Dimana untuk stacking gel lebih banyak mengandung air (lebih encer), dikarenakan memang stacking gel adalah tempat penempatan sampel dan sebagai titik awal proses electrophoresis.

Berdasarkan Wikipedia (2018) , PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis) adalah teknik pemisahan protein atau nucleic acids (yang lebih kita kenal dengan DNA atau RNA) ke molekul-molekul pembentuknya menggunakan gel. Pemisahan ini dapat sesuai karakteristik ukuran, berat, bentuk atau muatan molekul-molekul protein atau nucleic acids tersebut. Contohnya berdasarkan ukuran molekul, karena luas penampangnya semakin besar, maka semakin besar pula hambatan molekul untuk bergerak dalam gel. Penjelasan tentang proses electrophoresis ini sendiri, akan dijelaskan pada tulisan selanjutnya. Berikut ini adalah nama bahan-bahan dan berikut fungsinya dalam pembuatan gel, yang penulis himpun untuk mengetahui pengaruh volume terhadap bahan terhadap campuran resep gel, sebagai referensi pembuatan simulator praktikum polyakrilamide: Acrylamide Berupa larutan yang digunakan sebagai salah satu bahan utama pembuatan gel. Dalam praktikum ini, bahan praktikum menggunakan larutan acrylamide ...

Pengetahuan tentang dasar Acylamide sangat diperlukan dalam tahap pembuatan simulator Polyacrylamide ini. Saat tulisan ini ditulis, sebenarnya penulis belum mengerti sepenuhnya dengan arah pembuatan simulator. Apakah nama judul praktikum yang dimaksudkan adalah polyacrylamide, acrylamide saja atau dengan nama yang lain. Oleh karena itu, tulisan ini adalah sebagian keingin-tahuan penulis tenang tujuan diadakannya praktikum polyacrylamide.  Dari foodstandards.gov.au dikatakan bahwa Acrylamide adalah zat kimia yang terbentuk pada makanan bertepung secara alami, ketika makanan tersebut dimasak. Meskipun acrylamide tidak ditemukan bukti dapat menyebabkan kanker pada manusia, namun terdapat bukti bahwa zat ini dapat menyebabkan kanker pada hewan laboratorium. Bukti lebih lanjut dapat dibaca di sini . Sedangkan menurut Andrew Don (2017) , salah satu tanda yang paling mudah, bahwa suatu makanan memiliki kandungan acrylamide adalah perubahan warna yang coklat dan perbedaan rasa. Semaki...

Alasan utama pemilihan pembuatan hasil jadi simulator polyacrylamid ke bentuk Android adalah background pekerjaan penulis. Penulis adalah seorang programmer bahasa pemrograman Java. Di mana mulai tahun 2008 sampai tahun 2012, penulis mendapat project membuat aplikasi simulator Fisika Eksperimen yang didistribusikan melalui web browser, dalam bentuk Java Applet. Pembuatan Applet tersebut menggunakan software yang dinamakan Greenfoot.  Berikut ini screenshot contoh aplikasi simulator Fisika Eksperimen buatan penulis yang berbentuk Java Applet:  Greenfoot adalah aplikasi PC pengolah gambar 2D yang penggunanya lebih ditekankan kepada penggunaan bahasa pemrograman. Selain untuk pengolahan gambar 2D, aplikasi ini juga dapat digunakan untuk membuat game 2D, yang dapat dijalankan di PC berupa file *.exe atau di eksport dalam bentuk Java Applet yang telah penulis sebutkan di atas. Dikarenakan masalah keamanan, mulai tahun 2011, Applet mulai dilarang menjadi salah satu ko...

Simulator praktikum polyakrylamid yang akan dibuat, pertama kali akan dibuat dalam versi dekstop menggunakan Greenfoot, baru kemudian ke versi Android dengan library buatan penulis.  Dapat dikatakan pembuatan simulator akan dibuat dalam 2 bentuk aplikasi beda Operating System (OS), yaitu di PC dan Android. Namun karena tujuan dari awal pembuatan aplikasi adalah berbasis Android, maka penulis akan lebih mengarah untuk menyempurnakannya di bentuk Androidnya saja, meskipun sebenarnya yang versi dekstop juga dapat digunakan. Alasan mengapa simulator lebih baik dibuat versi Androidnya dapat dibaca pada posting blog selanjutnya. Untuk membuat simulator praktikum polyakrylamid ini, penulis selaku programmer akan menggunakan 3 tahapan. Yaitu pembuatan gambar-gambar alat, memasukkan kode program dan terakhir uji coba ke user atau praktikan. Contoh desain awal gambar-gambar alat Selain itu, secara garis besar developer akan menyesuaikan dengan interaksi minimum yang dapat ...

Berikut ini beberapa link video di Youtube, yang menunjukkan praktikum pemisahan protein menggunakan metode electrophoresis yang akan digunakan sebagai referensi dalam project ini, semoga bermanfaat: Setting Up and Running Mini-PROTEAN® TGX™ Precast Gels SDS PAGE Part 1 Assembly and Electrophoresis SDS PAGE Part 2 Disassembly and Gel removal How to Stain an SDS-PAGE gel SDS PAGE Introductory Procedures Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) How to Make an SDS-PAGE gel